其中，国家一级重点保护的鸟类有：东方白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白头鹤、白鹤、金雕、白尾海雕、大鸨等8种；国家二级重点保护的鸟类有：大天鹅、白枕鹤、灰鹤、白琵鹭、白额雁、鸳鸯等35种；一、二级重点保护鸟类共43种。陆上野生动物有狼、狐、貉等25种，两栖爬行类9种，鱼类46种，年产量达5000吨，昆虫446种，植物200种，其中具有药用价值的149种。地下还蕴藏着丰富的石油和天然气资源。查干湖渔场2005年胖头鱼总产量3300吨，占中国同类产品的比例为1.5‰，占吉林省同类产品的18.6%。
保护区有哺乳类兽类动物25种，隶属于5目12科。占吉林省兽类总数（81种）的30.9%。在这25种兽类中食肉类动物计5种，占33.3%。包括狼、赤狐、貉、黄鼬及艾鼬。啮齿目种类最丰富，计15种。占区内兽类的60%。包括草原黄鼠、三趾跳鼠、黑线仓鼠、布氏田鼠、麝鼠、草原鼢鼠及巢鼠等。此外有兔形目的草原兔，食虫目的达乌尔猬。有8种为国家要保护的“三有动物”，占区内兽类总数的53.3%。
植物资源
水生植物群落
水生植物群落是指生长于湖泊、水库和池塘中的植物群落。吉林省西部的湖泊密集，占辽宁省面积的6%。查干湖是东北地区西部最大的天然湖泊。
1、浮水植物：这类植物漂浮于水面，根系悬浮于水中或扎于湖底的泥土中，而叶片及花则漂浮于水面之上。最常见的植物有荇菜、浮萍、多根萍、槐叶萍及菱角等。
2、沉水植物：植物体全部沉于水中，根系固着于水底的泥土中。主要分布于湖泊或池塘的深水区域。最常见的有菹草、金鱼藻、狐尾藻、线叶眼子菜等植物。
沼泽植物群落
查干湖地区的湿地沼泽可划分为下列植物群落。
1、芦苇-苔草群落：该植物群落的形成初期以芦苇为主，后有苔草侵入，由于常年积水，植物的种类相对较少，以种子植物为主，伴生有少量的苔藓及蕨类。代表植物有芦苇、小叶章、小白花地榆、苔草、驴蹄草、箭叶蓼等。
2、香蒲-芦苇群落：该植物群落在查干湖地区较为普遍，主要分布于河滩地，地表长期积水，土壤为腐殖质沼泽土，常见的植物有香蒲属的各种植物，如宽叶香蒲、狭叶香蒲及普氏香蒲等。群落的外貌为绿色，夏秋季节，果穗为褐色，除了香蒲外，芦苇也不少，其他植物有戟叶蓼、箭叶蓼、节蓼及杉叶藻等。
3、踏头沼泽群落：由于地表季节性积水，形成以塔头苔草为优势种形成斑点状的，高约25-40cm，直径约50cm的草丘，盖度为90%以上。伴生植物有小叶章、水蓼、狐尾藻等。
4、菖蒲群落：分布于查干湖附近的河滩洼地和中小河流的旧河道中。群落的地表有薄层的积水，一般水深可达10cm左右，雨季可达30-50cm，土壤以淤泥沼泽土为主。植物种类较为贫乏，菖蒲为建群种，盖度85%左右，伴生植物有苔草、泽芹、水蓼、地瓜儿苗及箭叶蓼等。
5、水稗草群落：此群落大部分为撂荒的水田和农田，地表土壤的含水量大，但地表无明显的积水，盖度为70%左右。伴生植物有侧莞莎、苔草、千蕨菜、狭叶地榆等。
盐碱化草甸
本地区内的一些地段，因为载畜量过大，因而造成草场严重的退化。地上的植被所剩无几，致使地下的盐碱成分随着地下水分的蒸发而不断上升，在地表面形成“碱斑”俗称叫“碱疤瘌”，一块块的白色，是草原上的“秃疮”。只有一些极耐盐碱的植物才能在上面生长、成活。如西伯利亚蓼、碱蓬、碱地肤及碱茅等。
草甸草原
在查干湖附近地势较高处，季节性的洪水淹不到的地方，常有草原区典型植被的存在。主要代表植物为羊草，为根茎植物，喜生于中性或偏碱性的土壤中，它的适应性强，分布广。伴生植物有佛子毛、细叶地榆、五脉山黧豆、水蒿、黄花菜等。
杂类草群落
主要分布于低海拔的林间空地或谷地的边缘。在草原区形成斑块状的分布，没有明显的优势植物，其中多为双子叶植物，花大，色泽鲜艳，五彩缤纷。俗称为“五花草塘”或“狗肉地”。主要植物有地榆、蚊子草、风毛菊、单穗升麻、桔梗、知母、野豌豆等。在查干湖附近地区，开垦的农田，由于耕作数年后，土壤的肥力递减，而当地很少施肥，所以只有弃耕而另开垦新的荒地，土地撂荒后，任凭杂草丛生。旱田里，多半是耕地的农田杂草，如黄蒿、野艾蒿、东北苦菜、苣荬菜等。在撂荒的水田里生长的多半为水田杂草，如水稗草、千屈菜、牛毛毡苔草及苔草等。
人工植被（农田）群落
吉林查干湖国家级自然保护内的低洼地和水源充足的地方常被开垦为水田，种植水稻。岗地或临时性的水淹地，则被开垦为旱田，种植玉米、黄豆及高粱等。查干湖附近多为冲积的沙质土或沼泽土，土质肥沃，种植的庄稼不用施肥或很少施肥。这些田地在年降水量较少时，可以得到较好的收成，一旦雨季洪水泛滥，可能颗粒无收。多年来在湖周围开垦的农田数量很大，主要是旱田或水田开垦。以至使原有的自然植被覆盖率大为减少。
木本植物群落
在查干湖地区也生有少量的木本植物 ，其中一些杨树及柳树成块状分布，多为人工种植，另有一些树木或灌木为自然生长，如榆树、胡枝子及枸杞等。
