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呼兰清真寺西濒风光秀丽的呼兰河,建于清嘉庆十五年(1810年),由回族乡老王某牵头兴建。时仅草房三间,是一座简易的礼拜场所。
回族是信仰伊斯兰教的民族之一,《呼兰府志》称:“初,在陕、甘境,后乃东渐呼兰全府均有之”,且多在清真寺周围安家落户,人口逐年增多,原有的清真寺已不能满足宗教生活的需要。遂有重建一座较大清真寺的倡议。据呼兰穆斯林韩在元老人的回忆:光绪初年,为扩建清真寺,由第一次牵头修寺的王乡老之子,组织当地教众筹集资金,又到绥化、哈尔滨等地穆斯林中请求资助。拟在清真寺原址建清真寺的倡仪,得到当时清朝地方官张协领的支持,且捐赠了土地。工程准备就绪,改建工作开始了。但地基刚刚砌完,便遭到当地驻军和八旗人(满族)的阻挠。他们借口建起瑶殿会压住龙头,破坏了坟茔地的风水。致使工程被迫停工。后经教众商议,决定请王乡老到奉天(今沈阳)向高州镇总兵左宝贵(字冠延,回族)求助。王到奉天后,经清真寺熟人介绍,得左的秘书引荐,才晋见了左宝贵,尽述呼寺建寺受阻之事。左当即表示支持,并亲题匾额,派军用马车专程运呼兰。事后在又进京,将此事奏报慈禧太后,据说慈禧太后将储于大库的康熙御笔九龙匾一块送呼兰(康熙御笔九龙匾为两块,一块康熙在世时御赐北京牛街清真寺)。御匾即圣旨,建寺受阻事,遂得以排除。改建工程于光绪三年(1877年)竣工。
扩建的清真寺占地面积约5000平方米。当时是青砖围墙,对厅在东面,每逢伊斯兰教节日开大门,平时开南门。大门内外曾分别挂有木刻“清真古道”、“认主独一”匾额两块。四合庭院内铺设甬道,对厅西面是磨砖对缝砖砌花纹,穿枝过梗的礼拜殿,由大殿和瑶殿组成,门前曾高悬九龙匾和左宝贵匾额。大殿奠基较高,礼拜时拾阶而上,殿内可容2000人礼拜。大殿为“明三(间)暗三(间)”结构,交错起伏,飞檐四出,青灰色的垄瓦覆顶,显得格外壮观。瑶殿为三层方形,殿顶镶有白锡重130公斤窑顶,四角镶有龙形雕塑。耸立在大殿之后。礼拜殿壁的木雕,多为花卉与-;窗户、殿门多系剔透木雕花卉;砖雕、石雕也全是浮雕的花卉图案;为整个建筑增彩添辉。对厅南面西侧是一栋砖房小暖殿,是冬天礼拜场所。东侧一栋砖房,是沐浴室,内设吊罐——穆斯林用来做大净的沐浴水罐,吊在房梁上,地下有接水槽;并设有汤瓶——有来做小净的水壶,高身长咀;还有厨房、帐房。对厅北面南侧一栋房,为教长室、海裏法(学生)宿舍、讲堂;东侧一栋草房分别为女沐浴室、水房子、女礼拜堂。大殿前种植了玫瑰、芍药、丁香花木,还有三棵大松树和一片葡萄架。大殿后身有二间架子分房——存放亡人的地方,还有寺内人员生活用的菜园。西面是大门。整个寺院显得对称、协调、雅静,是一座有主体、有陪衬、自成系统的中国宫殿式的古寺。