保护区内有黑龙江和乌苏里江两大水系,河流57条,湖泡200余个,有兽类43种,鸟类259种,爬行类8种,两栖类7种,昆虫500余种,鱼类105种。其中国家一类保护动物丹顶鹤、东方白鹳、金雕等13种,国家二类保护动物大天鹅、白枕鹤、马鹿、雪兔等47种,高等植物900余种,国家三类保护植物野大豆、黄菠萝等4种,国家二类保护鱼类施氏鲟和达氏鳇2种。
保护区于1994年建立,2000年晋升为国家级,2002年列入国际重要湿地名录,1999年加入“东北亚国际雁鸭类保护网络”,2002年加入“东北亚国际鹤类保护网络”,2001与俄罗斯哈巴罗夫斯克大赫黑契尔国家自然保护区、2006年与俄罗斯犹太自治州巴斯达克国家自然保护区、2010年与俄罗斯百隆斯-家自然保护区建立了国际联合保护区,2006年被国家林业局确定为全国自然保护区示范单位。2009年被省委、省政府授予“省级文明单位标兵”。
三江保护区通过争取国家项目建设,已完成了综合办公楼、保护管理综合楼等基础设施,同时下设抓吉、海青、永发等7个管理站,以及荷花泡、姜明礼岗、马圈岛、瓦盆窑等19个管护点及十个流动管护站点。完成了局、站、点的三级管护体系建设。保护区设施设备完善,已配备了现代化的交通、通讯设备,已经全面实现从局到站楼房化、办公监测自动化、交通工具机械化。
三江自然保护区创业者们通过不懈的努力,使保护区内有了良好的生态环境,保护区内的濒危物种有所恢复,鸟类的种群数量也有所增加。到2012年秋季统计,鸟类由建区初期的169种增加到了259种。